Ajan 47 Uzun yıllar süren bir araştırma sürecinin ürünü olan, üst düzey yeteneklere sahip bir ölüm makinesi, boynunun arkasında yer alan barkod dövmesinin son iki hanesinde yazan numarayla, "Ajan 47" olarak tanınmaktadır. Onlarca yıllık araştırmanın sonucu önceki 46 klonun ardından, benzeri görülmemiş bir güç, hız, dayanıklılık ve zekaya sahip olan Ajan 47'nin yeni görevi ise kendisinin gizemini çözüp aynı formül üzerinden bir katil ordusu yaratmaya çalışan bir mega şirkete karşı harekete geçmektir. Gizli düşmanlarının üstesinden gelmeyi bilen genç bir kadının yardımıyla Ajan 47, şaşırtıcı köklerini keşfedecek ve epik bir savaşın içine atılacaktır.

Amerika’daki ekonomik buhran döneminde tetikçilik yaparak hayatını kazanan Michael Sullivan, John Rooney’nin hesabına çalışmaktadır. Fakat Rooney’nin oğlu, babasına kendisinden daha yakın olan bu adamı harcayacak türden dolaplar çevirir. Sullivan, hiç istemediği halde kendi oğlunun da olaya karışması sonucu tehlikeli bir açmaza düşer. Olayların gelişmesiyle birlikte, hem cinayet mahali fotoğrafçısı hem de suikastçı olan Maguire, Sullivan’ın peşine takılır. Sullivan, ne pahasına olursa olsun oğlunu korumak zorundadır.